在有機肥生產線中，肥料是需要經過發酵才能形成的，在發酵的時候往往會產生臭味，因此有機肥生產線企業都會對發酵加工環節進行除臭，主要方式有：
1、使用生物發酵除臭菌種
　　在畜禽糞便等有機物料翻堆、發酵、腐熟過程中，生物發酵除臭菌種能全程分解和轉化臭味物質。使用此類產品，一般在48小時左右可以消除惡臭。長期使用生物發酵除臭菌種，有機肥生產企業的臭味明顯減輕或者消失。
　　生物發酵除臭菌種大部分為中溫型微生物，少量為中高溫微生物，一旦超過60℃，所有除臭微生物將失去活性，剩下的高溫微生物幾乎沒有除臭效果，但此時，一些活性酶也對臭味物質起到作用。所以，利用生物發酵除臭菌種進行畜禽糞便的發酵，往往溫度不太高。
　　2、密封發酵、加工車間和安裝除臭裝置
　　密封發酵、加工車間可以阻止臭氣溢出。在發酵、加工車間的一側安裝多個進氣扇，讓外界新鮮空氣進入車間內，而在發酵、加工車間的另一側安裝多個排氣扇，每個排氣扇連通一個排氣管道，將車間排出的氣體經管道通入固體或者液體生物濾池中。由于固體或者液體生物濾池中提前擠入了活性生物除臭菌種。車間內的臭氣得以控制。比如，有一家生物肥料生產企業，將有機肥料廠的臭味經排氣管道通入魚、蝦塘內，而魚蝦塘內加入了有益的活性除臭菌種，不但解決了臭味問題，還給魚蝦提供了營養物質，魚蝦塘不用施肥，照樣水草青青，魚蝦滿塘。
　　3、密封運輸或者遠離居民區生產